本博客是本人工作时做的笔记

 

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Linux提交任务样本

：echo "sh create_taxonomy_db.sh -d ../database/ncbi_taxonomy/" > qsub_tax_db.sh

 qsub -cwd -l vf=500M,p=1 qsub_tax_db.sh

 

 

 

需要给与文件执行：

chmod 755 fqextract.c

 

                     

查看以前用的指令

history |less -S

 

显示文件结尾：

tail -f refdb.*

 

ll -rt

下载的文件安装：

一般用make就可解决

 

 

转链接：

ln -s bin/gt（需要转链接的路径） ./（转到的路径）

 

读文件的大小：

du -h --max-depth=1 ./

 

 

Linux中使用gzip来压缩/解压 *.gz文件

NAME
     gzip, gunzip, zcat - compress or expand files

SYNOPSIS
     gzip [ -acdfhklLnNrtvV19 ] [--rsyncable] [-S suffix] [ name ... ]
     gunzip [ -acfhklLnNrtvV ] [-S suffix] [ name ... ]
     zcat [ -fhLV ] [ name ... ]

OPTIONS
     -c --stdout --to-stdout 结果写到标准输出，原文件保持不变
     -d --decompress --uncompress 解压
     -k --keep 压缩或者解压过程中，保留原文件
     -r --recursive
     -t --test 检查压缩文件的完整性
     -v --verbose 显示每个文件的名子和压缩率
     -# --fast --best 取值从-1(最快)到-9(最好)，默认是-6

示例1，压缩文件
原文件名为file1.txt，压缩后原文件消失，压缩后文件名为file1.txt.gz
root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 12383865 Aug 21 08:08 file1.txt
root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt
root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 134416 Aug 21 08:08 file1.txt.gz

示例2，解压文件
root@ubuntu:/tmp# gzip -d file1.txt.gz
root@ubuntu:/tmp# ls -lh file1.*
-rw-r--r-- 1 root root 12M Aug 21 08:08 file1.txt

示例3，压缩的时候，显示压缩率
root@ubuntu:/tmp# gzip -v file1.txt
file1.txt: 98.9% -- replaced with file1.txt.gz

示例4，一条命令压缩多个文件，压缩之后，是各自分开的：
root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt file2.txt
root@ubuntu:/tmp# ls -l
total 1348
-rw-r--r-- 1 root root 134416 Aug 21 08:08 file1.txt.gz
-rw-r--r-- 1 root root 392 Aug 21 08:15 file2.txt.gz

示例5，压缩过程中，保留原文件
root@ubuntu:/tmp# gzip -k file1.txt
root@ubuntu:/tmp# ls file1.*
file1.txt file1.txt.gz

示例6，压缩到标准输出中
可以连接两个文件
root@ubuntu:/tmp# cat file1.txt file2.txt | gzip > foo.gz
或者
root@ubuntu:/tmp# gzip -c file1.txt file2.txt > foo.gz

 

 

 

Linux下常见的压缩包格式有5种:zip tar.gz tar.bz2 tar.xz tar.Z

其中tar是种打包格式,gz和bz2等后缀才是指代压缩方式:gzip和bzip2

 

filename.zip的解压:

unzip filename.zip

 

filename.tar.gz的解压:

tar -zxvf filename.tar.gz

其中zxvf含义分别如下

z: 　　gzip  　　　　　　　　    压缩格式

x: 　　extract　　　　　　　　  解压

v:　　 verbose　　　　　　　　详细信息

f: 　　file(file=archieve)　　　　文件

 

filename.tar.bz2的解压:

tar -jxvf filename.tar.bz2

j: 　　bzip2　　　　　　　　　 压缩格式

其它选项和tar.gz解压含义相同

 

filename.tar.xz的解压: 

tar -Jxvf filename.tar.xz

注意J大写

 

filename.tar.Z的解压: 

tar -Zxvf filename.tar.Z

注意Z大写

 

关于tar的详细命令可以

tar --help

 

事实上, 从1.15版本开始tar就可以自动识别压缩的格式,故不需人为区分压缩格式就能正确解压

tar -xvf filename.tar.gz
tar -xvf filename.tar.bz2
tar -xvf filename.tar.xz
tar -xvf filename.tar.Z


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