GWAS群体分层校正，该选用多少个PCA
前言
关于选用多少个PCA做群体分层校正，各大期刊并没有一个统一的说法。 故做了如下综述。
1 随心所欲型，想选多少就选多少
PCA想选多少就选多少，这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相！
SRE实战 互联网时代守护先锋，助力企业售后服务体系运筹帷幄！一键直达领取阿里云限量特价优惠。比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层。
Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability
比如选用前5个主成分校正群体分层。
Accounting for Population Stratification in Practice: A Comparison of the Main Strategies Dedicated to Genome-Wide Association Studies
比如选用前3个主成分校正群体分层。
GWAS identifies novel SLE susceptibility genes and explains the association of the HLA region
比如选用前2个主成分校正群体分层。
GWAS analysis of suicide attempt in schizophrenia: Main genetic effect and interaction with early life trauma
2 通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分
通过EIGENSTRAT软件计算主成分
计算各个主成分是否有显著的统计学意义
将P值小于0.05的主成分纳入群体分层校正中。
如下图所示，主成分1和2是显著影响群体结构的（P<0.05），做关联分析时需要纳入协变量中
此类做法参考文献：
GWAS Identifies Novel Susceptibility Loci on 6p21.32 and 21q21.3 for Hepatocellular Carcinoma in Chronic Hepatitis B Virus Carriers
